Museum Negeri Sonobudoyo sebagai salah satu Museum yang bersifat umum memiliki 10 (sepuluh) jenis koleksi yaitu :
1. Koleksi Geologi
2. Koleksi Biologi
3. Koleksi Etnografi
4. Koleksi Arkeologi
5. Koleksi Historika
6. Koleksi Numismatika
7. Koleksi Filologika
8. Koleksi Keramologika
9. Koleksi Senirupa
10. Koleksi Teknologi
Pengumpulan koleksi didapat melalui penyerahan dari masyarakat dengan system ganti rugi, hibah, pesanan, barang titipan.
Jumlah 10 jenis koleksi Museum Negeri Sonobudoyo dengan rincian sebagai berikut :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Geologi | 13 |
| Koleksi Biologi | 34 |
| Koleksi Ethnografi | 8.157 |
| Koleksi Arkeologi | 1.981 |
| Koleksi Historika | 42 |
| Koleksi Numismatika | 21.914 |
| Koleksi Filologika | 1.240 |
| Koleksi Keramologika | 384 |
| Koleksi Senirupa | 9.120 |
| Koleksi Teknologi | 384 |
| Jumlah | 43.235 |
| Posisi pada bulan Maret 2006 | |
Dari data jumlah 10 jenis benda koleksi Museum Negeri Sonobudoyo sebanyak 43.235 buah :
Sudah diinventarisir sejumlah 11.031 buah ( 25,51 % )
Belum diinventarisir sejumlah 32.204 buah ( 74,48 % )
Koleksi yang dipamerkan pada ruang Pameran tetap di Museum Negeri Sonobudoyo unit I sebanyak 1.184 buah terdiri :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Etnografi | 715 buah |
| Koleksi Arkeologi | 445 buah |
| Koleksi Nimismatika | 14 buah |
| Koleksi Keramologika | 7 buah |
| Koleksi Filologika | 3 buah |
Koleksi yang dipamerkan pada ruang Pameran tetap di Museum Negeri Sonobudoyo Unit II sebanyak 810 buah terdiri dari :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Geologika | 38 buah |
| Koleksi Biologika | 31 buah |
| Koleksi Ethnografika | 304 buah |
| Koleksi Numismatika | 147 buah |
| Koleksi Filologika | 12 buah |
| Koleksi Senirupa | 161 buah |